ในการหักภาษี ณ ที่จ่ายของสถานศึกษา กรณีการจ่ายเงินให้แก่เจ้าหนี้ผู้มีสิทธิรับเงินเป็นบุคคลธรรมดา หรือเจ้าของกิจการร้านค้าที่เป็นเจ้าของคนเดียว วงเงินที่จ่ายตั้งแต่ 10,000 บาท ขึ้นไป หักภาษี ณ ที่จ่าย 1% หรือกรณีการจ่ายเงินให้แก่เจ้าหนี้ผู้มีสิทธิรับเงินที่เป็นนิติบุคคล ห้างหุ้นส่วนหรือบริษัท จำกัด วงเงินที่จ่ายตั้งแต่ 500 บาท ขึ้นไป ให้หักภาษี ณ ที่จ่าย 1% (ถ้ามีภาษีมูลค่าเพิ่ม ให้หักภาษีมูลค่าเพิ่มก่อน เหลือเท่าไรจึงนำมาคิดภาษีหัก ณ ที่จ่าย 1%) โดยสถานศึกษาที่เป็นผู้หักภาษี ณ ที่จ่าย ต้องทำหนังสือรับรองการหักภาษี ณ ที่จ่ายมอบให้แก่เจ้าหนี้ผู้มีสิทธิรับเงินไว้เป็นหลักฐานด้วย
ในการนำส่งเงินหักภาษี ณ ที่จ่ายให่้สรรพากร ถ้านำส่งเป็นเงินสด สถานศึกษาต้องนำส่งสรรพากรภายในวันที่ 7 ของเดือนถัดไป หรือ กรณีนำส่งทางระบบอิเล็คทรอนิกส์ ให้เป็นไปตามที่สรรพากรกำหนด