การรับเงินภาษีหัก ณ ที่จ่าย ให้บันทึกรับเงินในสมุดบัญชีของโรงเรียนด้วย และเมื่อนำส่งให้สำนักงานสรรพากร จึงบันทึกจ่ายออกจากระบบบัญชีโรงเรียน ซึ่งการนำส่งให้สำนักงานสรรพากรทำได้ 2 กรณี คือ 1)นำส่งเป็นเงินสดให้นำส่งภายในวันที่ 7 ของเดือนถัดไป และ 2) นำส่งทางระบบอิเลคทรอนิกส์ ให้นำส่งภายในสิ้นเดือน หากเกิดกำหนดจะมีค่าปรับ